Четверо братів-черепах, які все життя переховувалися від людей у каналізації Нью-Йорка та вивчали ніндзюцу, вирушають на поверхню й намагаються жити як звичайні підлітки. За допомогою своєї нової подруги Ейпріл О’Ніл вони виходять на слід сумнозвісного злочинного синдикату та армії мутантів.